В папке с игрой находим файл fsgame.ltx и открываем его при помощи блокнота.
Ищем строку:

$mod_dir$ = false | false | $fs_root$ | mods\

если таковой там нет, то дописываем и сохраняем файл.

Внимание! После проделывания данной операции может сброситься конфиг.
Попробуйте сначала создать резервную копию user.ltx в папке STALKER-SHOC\